Tuy nhiên, vướng mắc đã xảy ra khi nhiều hộ dân nằm trong diện giải tỏa không chịu di dời, vẫn cố bám trụ vùng dự án. Điều này khiến cho công tác dọn dẹp, chỉnh trang và hoàn trả mặt bằng dự án chậm tiến độ. Hiện nay, Trung tâm Bảo tồn Di tích Cố đô Huế vẫn chưa nhận được bàn giao khu Thượng Thành Huế với toàn bộ chiều dài 10km chu vi và các khu vực khác.
Điều này khiến cho việc chỉnh trang không thể thực hiện triệt để theo từng khu vực. Tại những khu vực người dân chưa chịu di dời, các đơn vị thi công đành phải khoanh vùng chờ giải tòa mới tiến hành triển khai tiếp.
Việc các hộ dân chây ì, cố bám trụ nơi ở trong vùng dự án đã gây cản trở lớn tới tiến độ thực hiện dự án. Đáng ngại hơn, do việc chây ì quá lâu nên các khu vực đã được dọn dẹp, hoàn trả mặt bằng, đưa về nguyên trạng vốn có lại bị… hoang hóa trở lại.
Vốn đã được dọn dẹp, chỉnh trang từ giữa năm 2023 nhưng tới nay khu vực Thượng Thành, Eo bầu và khu vực phía Đông giáp với đường Xuân 68 cỏ dại um tùm trở lại. Có nơi cây dại đã cao quá đầu người và đang có dấu hiệu xâm lấn bờ kinh thành.
Được biết hiện nay có 99 hộ dân ở khu vực Eo bầu quanh Thượng Thành chưa bàn giao mặt bằng. Cụ thể phường Thuận Lộc có 36 hộ, phương Tây Lộc 24 hộ và Đông Ba 30 hộ.
Khu Hộ Thành hào có 723 hộ dân bị thu hồi một phần đất. Tuy nhiên tới nay mới chỉ có 90 hộ hạ giải một phần nhà cửa, bàn giao mặt bằng, các hộ còn lại vẫn không có động thái gì. Tại di tích Trấn Bình đài cũng có 116 hộ thuộc diện giải tỏa nhưng chỉ có 28 hộ thực hiện bàn giao đất.
Nguyên nhân của tình trạng chậm, chây ỳ bàn giao mặt bằng tại dự án là do người dân không thỏa mãn với chính sách bồi thường, hỗ trợ tái định cư.
Mặc dù các cơ quan ban ngành của TP. Huế đã nhiều lần làm việc, vận động, đối thoại với người dân nhưng tới nay nhiều gia đình vẫn chưa chấp hành bàn giao mặt bàn.
Do khó khăn trong công tác giải phóng mặt bằng nên dự án chỉnh trang khu vực I Kinh thành Huế sẽ thực hiện theo phương thức cuốn chiếu tức là mặt bằng giải tỏa đến đâu sẽ dọn dẹp, chỉnh trang, hoàn trả và bàn giao về cho đơn vị chức năng quản lý đến đó. Bên cạnh đó, trước thực trạng này, đơn vị chức năng cũng tiếp tục xin điều chỉnh gia hạn thời gian thực hiện, hoàn thành dự án thêm 1 năm.