Giai đoạn 2 của vụ án xảy ra tại Tập đoàn Vạn Thịnh Phát, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu (C03) - Bộ Công an đề nghị truy tố bị can Trương Mỹ Lan, Chủ tịch Tập đoàn Vạn Thịnh Phát và các đồng phạm về 3 tội danh: lừa đảo chiếm đoạt tài sản, rửa tiền, vận chuyển trái phép tiền tệ qua biên giới.
Cũng theo kết luận điều tra, trong khoảng thời gian năm 2018-2019, Trương Mỹ Lan và đồng phạm đã phát hành 25 lô trái phiếu của 4 công ty An Đông, Quang Thuận, Setra, Sunny World (doanh nghiệp thuộc hệ sinh thái Vạn Thịnh Phát) chiếm đoạt 30.081 tỉ đồng của 35.824 bị hại.
Đây là giai đoạn SCB rơi vào tình trạng bị các cơ quan quản lý thanh, kiểm tra; nợ xấu kéo dài, hệ sinh thái Vạn Thịnh Phát gặp khó khăn trong việc xin cấp tín dụng từ ngân hàng.
Để xử lý khó khăn tài chính, tháng 8/2018, Trương Mỹ Lan đã họp với 5 nhân vật chủ chốt gồm các lãnh đạo của SCB (Chủ tịch HĐQT Đinh Văn Thành, Tổng giám đốc Võ Tấn Hoàng Văn, Phó tổng giám đốc Nguyễn Phương Hồng), Nguyễn Tiến Thành Chủ tịch HĐQT Công ty Chứng khoán TVSI và Hồ Bửu Phương Phó Tổng giám đốc Vạn Thịnh Phát để thông nhất chủ trương phát hành trái phiếu.
Để thực hiện hành vi phát hành trái phiếu, các đối tượng đã lập ra hàng loạt công ty “ma”. Tính đến thời điểm bị khởi tố (7/10/2022), hệ sinh thái Vạn Thịnh Phát có 1.470 công ty gồm 46 công ty nước ngoài do Trương Mỹ Lan mua lại và gần 1.800 cá nhân đứng tên để thành lập doanh nghiệp, đại diện các khoản vay, cổ phần, tài sản, ký khống tài liệu, chứng từ.
Nhóm các công này sẽ được lựa chọn, đưa vào sử dụng cho các hoạt động tài chính của Vạn Thịnh Phát. Trong đó, 4 doanh nghiệp An Đông, Quang Thuận, Sunny World, Setra có đủ điều kiện nên đã được lựa chọn để phát hành trái phiếu. Còn những doanh nghiệp còn lại dùng để thực hiện thủ thuật tài chính “giải quỹ”.
Sau khi chốt được phương án, các đối tượng đã lên phương án lập, ký kết các hợp đồng kinh tế khống gồm mua bán cổ phần, trái phiếu, vay tiền giữa 4 công ty nói trên và các pháp nhân khác thuộc hệ sinh thái Vạn Thịnh Phát, các cá nhân hoặc công ty đối tác. Động thái nằm hợp thức mục đích phát hành trái phiếu, làm nhà đầu tư tin rằng, số tiền thu được sử dụng để đầu tư vào các dự án sinh lời.
TVSI được chọn là đơn vị tư vấn, phát hành trái phiếu. TVSI hoàn thiện các bước thủ tục, công bố thông tin và đại diện cho 4 đơn vị phát hành ký hợp đồng mua bán, chuyển nhượng với các trái chủ. Sau khi phát hành, một nhóm doanh nghiệp khác đứng ra mua trái phiếu với tư cách trái chủ sơ cấp, thực hiện thanh toán bằng các bút toán, hạch toán khống trên hệ thống của SCB.
Từ đây, việc tạo lập các gói trái phiếu khống hoàn thành và sau đó được bán cho người dân thông qua TVSI và SCB. Tổng khối lượng trái phiếu là 308 triệu đơn vị, có lãi suất cao hơn lãi tiết kiệm tại SCB.
Số tiền hơn 30.000 tỷ đồng thu được từ hoạt động bán trái phiếu được sử dụng toàn bộ vào mục đích khác nên không đủ nguồn tiền đảm báo chi trả gốc và lãi đến hạn cho các nhà đầu tư. Tính đến 7/10/2022, 4 công ty trên còn dư nợ 30.081 tỉ đồng của 35.824 nhà đầu tư, không có khả năng thanh toán.
Cơ quan điều tra xác định, dòng tiền huy động được từ hơn 35.000 trái chủ được TVSI chuyển tiền cho trái chủ sơ cấp, từ đây chuyển cho các cá nhân dưới hình thức trả tiền vay hoặc mua cổ phần. Sau đó, các đối tượng rút tiền bằng 2 hình thức: trực tiếp đưa xuống hầm giao cho Bùi Văn Dũng (lái xe của Trương Mỹ Lan) chở về nhà riêng, đưa cho cá nhân hoặc điểm đến theo chỉ định; cho các cá nhân được thuê đứng tên ký chứng từ rút tiền mặt, nộp tài khoản chỉ định, rồi chuyển tiền vào các tài khoản khác để trả nợ vay, thanh toán thẻ tín dụng, chuyển tiền cho các công ty, cá nhân…
Cũng theo cơ quan điều tra, toàn bộ giao dịch nộp, rút tiền mặt, chuyển tiền tại SCB có liên quan đến 30.869 tỉ đồng đều là khống, không có tiền mặt nộp, rút thực tế mà chỉ là biện pháp nghiệp vụ để cân đối sổ quỹ tiền hàng ngày tại SCB chi nhánh Sài Gòn, Bến Thành. Toàn bộ việc sử dụng tiền trái phiếu được người thân cận của Trương Mỹ Lan ghi chép, theo dõi với cách đặt tên là "Bond WMC", "Bond VTP", "Bond VNG", "Bond VIPD"...